一、有機肥養分不均衡
有機肥所含養分種類較多，與養分單一的化肥相比是優點，但是它所含養分并不均衡，不能滿足作物高產優質的需要。在施用有機肥時應根據作物對養分的要求配施化肥，即使生產綠色食品的農田也要配施適量礦物肥，并在作物生長期間配施各種葉面肥。
二、有機肥養分含量低
有機肥雖然所含養分種類較多，但養分含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機肥施用量不是很大的情況下，很難滿足作物對營養元素的需要。而化肥養分含量高，肥效迅速，可根據作物需要量的多少，有針對性地補充，但肥效期短。為了獲得高產，應將有機肥與化肥配合施用，取長補短，發揮各自的優勢，在數量和時間上滿足作物對各種營養元素的需要。
三、有機肥需經過發酵處理
許多有機肥帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥中含有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過發酵、加工處理后才能施用，生糞不能進地。
四、有機肥施用有禁忌
充分腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，以免造成氨的揮發，降低有機肥養分含量。有機肥含有較多的有機物，不宜與硝態氮肥混用。
